Есть ли какие-то удобные программы для обмена накладными онлайн? Если да, то какие используете?

Да сейчас же используются такие типа 1С проги, как вариант.

Мне разными доводилось пользоваться, так что есть с чем сравнить. Из своего личного опыта могу посоветовать сервис сберкорус https://www.esphere.ru/ . С помощью него передавать и обмениваться подобными данными удобно и самое главное, что безопасно. Насчет их утечек можете даже не переживать. Этот сервис давно уже использую и нареканий нет.