Или лучше именно к 1С подключаться?

По функционалу 1С самой качественной считается, так что лучше всего её используйте. Да и плюс она удобно сделана, в отличие от левых аналогов. Можете демо 1с подключить, чтобы поработать в ней, оценить функционал. Возможно, что и вас эта программа устроит, не будете искать ей никакой альтернативы.

Добавлю, что коль работаете с ПО и с отчетностями разными, то нужно, чтобы оно было как следует защищено, дабы избежать взломов. Так что рекомендую обратиться сюда и заказать данную услугу в компании, которая обеспечивает подобного рода защиту. Специалисты найдут и устранят все возможные уязвимости в системе.

Есть конечно и другие всякие, но по функционалу хуже они.

Мне разными подобными программами доводилось пользоваться, так что есть с чем сравнить. Из того что видел могу сказать, что у 1С наиболее обширный функционал и удобный интерфейс. Если выбирать, то лучше её. Мы у себя на предприятии сейчас 1с ерп https://binom.systems/programmy-i-produkty/1s-erp/ используем. В ней удобно очень работать. Внедрением данной программы занимались специалисты из компании Binom. В оговоренные сроки и за разумные деньги всё настроили, подключили.